Durante a CPRE, um duodenoscópio flexível é inserido pela boca até a segunda porção duodenal sob anestesia geral, permitindo ao médico visualizar a papila de Vater (onde o colédoco, que transporta do fígado a bile e o ducto pancreático maior conhecido também como ducto de Wirsung, que transporta suco pancreático, se abrem no duodeno liberando seu conteúdo). Após a visualização da papila, ela é canulada com material específico, permitindo o uso de contraste radiológico para que a via biliar possa ser visualizada no intensificador de imagem (raio-X). Dependendo do diagnóstico, a CPRE pode incluir procedimentos como remoção de cálculos, dilatação de estreitamentos e drenagem da via biliar(colédoco) com a colocação de próteses provisórias ou metálicas.